Om det är USB-kontrollern på moderkortet som är skadad?
Ingen aning.
Med tanke på beteendet att det verkar ta olika tid att starta datorn beroende på hur länge den varit avstängd tyder på att du har ett problem som indirekt är orsakat av värme, men det är inte värmerelaterat på det sättet du tänker dig.
I detta fall verkar det som att när du startat datorn tillräckligt många gånger så har någon komponent blivit tillräckligt varm och expanderat tillräckligt mycket för att kontakt/avbrott skall uppstå. Med andra ord, om du skulle förvärma rätt komponent så skulle datorn starta på första försöket.
Med tiden kommer detta problem mest troligt utvecklas till ett permanent problem.
Om skadan har skett inne i B550-chipset där jag tolkar det som att kontrollern för den USB-port du ville mäta på är placerad, så kan skadan vara av sådan karatär att det uppstår problem hos andra funktioner, tex, SATA, ljudkort, nätverkskort.
En snabb titt i manualen visar att du utan problem hade kunnat mäta VBUS direkt på kontakten på moderkortet utan att riskera att kortsluta något, ja, under förutsättning att kontakten är lätt att komma åt. Manualen visar även vilka pinnar som är vad.
Har du riktig tur, fungerar det med förslaget från @Networker men Tyvärr får du nog se detta som en lärdomspeng i "Hur man inte bör använda mätinstrumment".