Är det nytt moderkort som gäller?

Jag vet inte om det här är en dum fråga.
Jag har inte koll på hur passivt aktiva USB-portar fungerar när datorn är avstängd.
Hade det inte fungerat att ansluta mobiltelefonen med USB-kabel till datorn för att se om mobiltelefonen börjar ladda?

För övrigt när man skall mäta på USB-kontakter så bör man undvika att mäta i själva kontakten. Antingen mäter man på kontaktens bakre "lödpunkter", eller så slaktar man en kontakt och tar bort eventuellt skydds-hölje eller helt enkelt slaktar en kabel så man kommer åt rena kabelytor allt för att undvika risken att kortsluta olika kontaktytor.

Att kortsluta eventuella ledare mot skyddsjord är nog ingen direkt fara, när det kommer till att kortsluta +5V till en av data-ledarna däremot vet jag inte.
Från vad jag kan läsa mig till genom en snabb googling så ligger signalspänningen på USB 1.1 på ±3,3V, på USB 2.0 på ±0,4V och USB 3 verkar ligga ytterliggare lite lägre.

Om du har råkat kortsluta en av signalanslutningarna med +5V så kan USB-kontrollern (vet inte om det finns en eller flera då det i enhetshanteraren ofta dyker upp flera "root-hubbar") tagit skada och kan vara orsaken till den problematiska uppstarten.

I BIOSen på mitt moderkort så finns det inställningar för att stänga av moderkortets olika USB-portar; se efter om ditt moderkort också har denna funktion; kanske fungerar uppstarten ok om du stänger av den/de USB-portar som tagit skada.

Har du testat att nollställa cmos?
Har du (om problemet kvarstår efter nollat cmos) testat att ladda ner nytt bios och installera?

Jag har "räddat" några krånglande moderkort under årens lopp genom att göra som ovan.

Om det är USB-kontrollern på moderkortet som är skadad?
Ingen aning.

Med tanke på beteendet att det verkar ta olika tid att starta datorn beroende på hur länge den varit avstängd tyder på att du har ett problem som indirekt är orsakat av värme, men det är inte värmerelaterat på det sättet du tänker dig.

I detta fall verkar det som att när du startat datorn tillräckligt många gånger så har någon komponent blivit tillräckligt varm och expanderat tillräckligt mycket för att kontakt/avbrott skall uppstå. Med andra ord, om du skulle förvärma rätt komponent så skulle datorn starta på första försöket.
Med tiden kommer detta problem mest troligt utvecklas till ett permanent problem.

Om skadan har skett inne i B550-chipset där jag tolkar det som att kontrollern för den USB-port du ville mäta på är placerad, så kan skadan vara av sådan karatär att det uppstår problem hos andra funktioner, tex, SATA, ljudkort, nätverkskort.

En snabb titt i manualen visar att du utan problem hade kunnat mäta VBUS direkt på kontakten på moderkortet utan att riskera att kortsluta något, ja, under förutsättning att kontakten är lätt att komma åt. Manualen visar även vilka pinnar som är vad.

Har du riktig tur, fungerar det med förslaget från @Networker men Tyvärr får du nog se detta som en lärdomspeng i "Hur man inte bör använda mätinstrumment".

Tycker att dina problem tyder på RAM trassel, testa med en sticka i taget och gärna ett RAM test, kan ju vara nått annat som stökar förstås men det första man tänker på är typiska RAM problem..

Man kör ditt BIOS i ett annat program som du också måste ladda ner.

MEN OBS! Om du har en instabil dator ska du inte försöka uppdatera BIOS. Om den kraschar medans BIOS håller på att uppdatera sig så kan du förstöra moderkortet för alltid.

Det låter som att det är en överklockning av RAM som inte funkar som den ska, nollställ BIOS & cmos, det gör man genom att ta ur batteriet. Kanske kan du ha dränerat batteriet med multimeter pillandet? Det är samma batteri som brukar sitta i en personvåg, så borde gå att köpa för max en guldpeng.