Ja, då har det blivit rätt. Välj inte att formatera i CWM i fortsättningen så borde allt fungera som det ska nu
Att det 5.5GB är för att ~1GB är tilldelat systempartitionen(och då också appar som är installerade på internminnet). Sen försvinner lite pga filsystemet och att det räknas lite olika som vanligt(USB-minnen, hårddiskar osv. är ju inte heller exakt den storlek som anges).
Observera dock att allt nu hamnar på det interna SD-kortet, alltså inte det externa. Som sagt kan det vara möjligt att ändra /etc/vold.fstab för att få det som du vill ha det.