Att sidorna kräver ett anrop med domännamn är just av "VirtualHost"-anledningar som nämndes tidigare. Att det fungerar olika beroende på anropssätt kan kanske bero på någon cachning av DNS-uppslag någonstans i ledet, exempelvis i själva webbläsaren. Jag har från dina svar inte riktigt kunnat utröna om du testar att ansluta från en dator utanför ditt LAN, eller om du bara menar att du sitter på en dator inuti ditt LAN och får olika resultat beroende på om du skriver in ditt eget externa IP eller din servers lokala IP.
Att det fungerade ändå tidigare skulle kanske kunna bero på att du enbart hade en sida igång då, eller att du ändrat någon inställningar om vart servern pekar standardanrop. Debian i sig ändrar aldrig sådant utan att tydligt uppmärksamma, men möjligen har du vid uppdatering godkänt att skriva över befintlig konfiguration med distributionens standardkonfigurationsfil, som då inte angett någon standardomdirigering.