Jag vet ju inte var du satt radiatorn, men om du har den bak på chassit så ställer du chassit på frontpanelen så att radiatorn kommer överst. Bättre med luftbubblor i radiatorn än i pumpen.
Edit: Bubblorna är ofta rätt små som jag förstått det och det kan ta ett tag innan alla vandrat uppåt i systemet. Om du dagen efter vänder tillbaka datorn i normalläge så kan det sedan vara så att bubblorna stannar i radiatorn om det inte är för mycket luft i systemet. Nu är jag ingen vattenkylarsnubbe direkt men det är så jag vill minnas att flera andra tidigare gjort då de råkat ut för detta problem. Så testa.