Hjälp att synka några mappar mellan vår Win2012 server och OneDrive

Nu håller jag snart på att tappa förståndet

På vår arbetsplats har vi en server som kör Windows Server 2012, och dess huvudsakliga uppgift är att vara en gemensam lagringsplats för oss på kontoret.
Nu har vi också två konsulter som behöver komma åt en del av vår data när de inte är här, och då vill jag nyttja OneDrive för Företag som ingår i våra Officeabonnemang.
Tänkte att detta är väl hur enkelt som helst men jag har blivit gråhårig över dagen...
Bara att reda ut skillnader mellan Sharepoint och Onedrive... Jösses.

Hur som helst så stöter jag på två problem, varav det ena är en dealbreaker.
1: OneDrives synkklient kan inte köras som en service på Servern, så så fort den har startat om efter en uppdatering eller liknande så upphör synkningen. Detta är ju självklart ohållbart.
2: Jag kan inte på ett logiskt sätt välja vad jag vill ha synkat mot OneDrive. Synkklienten skapar sig en egen "root" mapp som allt som ska vara synkat ska bo i.
Detta ställer till lite problem och är allmänt osmidigt för våra andra system, men visst, det går ju att flytta om vår data så det passar klienten.

Så vad vi söker är en klient som kan ligga i bakgrunden på servern och synka mappar (helst valfria) till OneDrive, installera samma klient eller Microsofts egna på konsulternas datorer.

Kan inte förstå att något som vi tycker är så enkelt kunde bli så svårt! Vad behöver jag göra för att lösa problemet?

Tacksam för alla tips.