@Stavalol: Hade du initialt någon commit incheckat i repot? Dv.s har du satt upp ett repo och checkat in något till master? Eller arbetade du enbart lokalt?
Skulle du kunna köra en en git log --stat ?
Alternativt också en git reflog --all ?
Om du får fram en lista med commits och ser att du tagit bort filer så finns det eventuellt möjlighet att återställa till viss del.
Tyvärr är det så att git clean tar bort alla filer som inte spåras av git och det finns då ingen möjlighet att återställa dem.
Har du någon systemåterställning av Windows där du kan återgå till en äldre version? Detta brukar göras i samband med Windows Update om man själv inte har skapat restore points. Var det länge sen så är det dock inte säkert att du får tillbaka alla filer du önskar.