Fläktstyrning Linux Debian

Har bytt dator chassi för min Linux Debian server/NAS dator från ett Fractal Define R4 till ett R6. Den tidigare R4 har 3 fläktar som styrs av chassits inbyggda fläktkontroller som var nerställd på det lägsta. Nuvarande R6 har istället 3 Fractal Design Venturi HP-14 PWM 140mm kopplade till PWM anslutningarna för chassits inbyggda fläkthubb som i sin tur är kopplat till mitt moderkort GIGABYTE GA-MA790FXT-UD5P SYS_FAN1 (4-pins kontakt). Hade hoppats på att moderkortet skulle sköta PWM styrningen av fläktarna men enligt BIOS så går fläktarna runt 1380 RPM (CPU ligger på runt 500 RPM) och fläktarna går inte ner då Linux Debian startar. Fläktarna låter mycket och skulle vilja få dem att gå i mer lagom hastighet likt CPU fläkten helst per automatik via BIOS.

Mitt första försök var att aktivera PWM styrning via BIOS. Under PC Health Status så finns styrning för CPU flälkten med inställningarna CPU Smart FAN Control [Enabled](Disabled/Enabled) och CPU Smart FAN Mode [Auto](Disabled/Auto/Voltage/PWM) vilket fungerar bra nu samt tidigare. För System fläkten finns dock enbart System Smart FAN Control [Enabled](Disabled/Enabled). Har installerat senaste BIOS som inte är beta men inga extra inställningar för System fläkten tillkom.

Mitt andra försök var att installera lm-sensors fancontrol. Kör pwmconfig och då testningen går igång så hittas CPU fläkten som stannar i några sekunder men System fläktarna tuggar på som vanligt.

Testing pwm control hwmon0/device/pwm3 ...
  hwmon0/device/fan1_input ... speed was 460 now 82
    It appears that fan hwmon0/device/fan1_input
    is controlled by pwm hwmon0/device/pwm3
    Fan hwmon0/device/fan1_input has not returned to speed, please investigate!
  hwmon0/device/fan2_input ... speed was 1386 now 1386
    no correlation

Programmet tycks inte hitta System fläktarna och den enda jag kan ändra på verkar vara CPU fläkten. Har läst om att man kan skriva sin egen config fil men är inte så bekant med linux att jag vågar mig på det.

Någon som har tips och/eller idéer på hur jag ska gå tillväga?

BIOS: F7 2009/09/16
Chassi: Fractal Design Define R6 - Black
Fläktar: Fractal Design Venturi HP-14 PWM 140mm
Moderkort: GIGABYTE GA-MA790FXT-UD5P